給付金を受け取ったからといって、自治体による医療費助成が受けられなくなるとは限りません。
これは、給付金と医療費助成が性質の異なる制度であるためです。

給付金は、集団予防接種等が原因でＢ型肝炎に感染した方への国による損害賠償であるのに対し、医療費助成は、感染原因に関わらずＢ型肝炎に感染した方の医療費の負担を軽減するものです。
そのため、両方の制度を利用して治療を進められる可能性もあります。

ただし、医療費助成の可否については各自治体が判断するものであるため、まずはお住まいの自治体窓口に問い合わせてみることをおすすめします。